ALNAFT est dirigée par un Comité de Direction qui est composé d’un président, de cinq membres (dénommés directeurs) et d’un secrétaire général. Pour mener à bien ses missions, le Comité de Direction s’appuie sur des directions spécialisées. Le président du Comité de Direction, les cinq directeurs ainsi que le secrétaire général sont nommés par décret présidentiel sur proposition du Ministre chargé des hydrocarbures.